Los jugadores se enfrentarán a Kang el Conquistador en una batalla épica por toda Chronopolis, desde el antiguo Egipto y el Lejano Oeste a Sakaar y la Nueva York de 2099. Por el camino, los jugadores podrán asumir el control de multitud de personajes icónicos, desde el Capitán América Cowboy del pasado a Spiderman 2099 del futuro, junto con Thor, Hulk, Guardianes de la Galaxia, Pantera Negra, Capitán Marvel, Doctor Extraño, Duende Verde y decenas de otros superhéroes y supervillanos de Marvel. 

Entre las principales novedades de LEGP Marvel Super Heroes 2 se encuentra a habilidad de los personajes de manipular el tiempo y un modo competitivo de lucha entre superhéroes hasta para cuatro jugadores.